Kadar amonia yang tinggi dapat merupakan indikasi adanya pencemaran bahan organik yang berasal dari limbah domestik, industri, dan limpasan pupuk pertanian. Kandungan amonia ada dalam jumlah yang relatif kecil jika didalam perairan kandungann oksigen terlalu tinggi. Sehingga kandungan amonia dalam perairan bertambah seiring dengan bertambahnya kedalaman. Pada dasar perairan kemungkinan terdapat amonia dalam jumlah yang lebih banyak dibanding perairan dibagian atasnya karena oksigen terlarut pada bagian dasar relatif lebih kecil. Konsentrasi amonia yang tinggi pada permukaan air akan menyebabkan kematian ikan yang terdapat pada perairan tersebut. Toksisitas amonia dipengaruhi oeh pH yang ditunjukkan dengan kondisi pH rendah akan bersifat racun jika jumah amonia banyak, sedangkan dengan kondisi pH tinggi hanya dengan jumlah amonia yang sedikit akan bersifat racun.

Sumber amonia yang lain adalah reduksi gas nitrogen yang berasal dari proses difusi udara atmosfer, limbah industri, dan domestik. Amonia yang terdapat dalam mineral masuk kebadan air melalui erosi tanah. Di perairan alami, pada suhu dan tekanan normal amonia berada dalam bentuk gas dan membentuk kesetimbangan dengan gas amonia. Kesetimbangan antara gas amonia dangan ammonium ditunjukkan dalam persamaan reaksi : NH3 + H2O → NH4 + + OH –

Amonia yang terukur di perairan berupa amonia total (NH3 dan NH4 + ). Amonia bebas tidak dapat terionisasi, sedangkan ammonium (NH4 + ) dapat terionisasi.

Amonia bebas (NH3) yang tidak terionisasi bersifat toksik terhadap organisme akuatik. Toksisitas amonia terhadap organisme akuatik akan meningkat jika terjadi penurunan kadar oksigen terlarut. pH, dan suhu. Avertebrata air lebih toleran terhadap toksisitas amonia daripada ikan.

Amonia termasuk dalam salah satu parameter yang terdapat dalam PERATURAN MENTERI LINGKUNGAN HIDUP REPUBLIK INDONESIA NOMOR 5 TAHUN 2014 TENTANG BAKU MUTU AIR LIMBAH. Setiap baku mutu air limbah memiliki ketetapan dalam batasan parameternya. Oleh karena itu, batas kadar ammonia dalam limbah cair antara satu industri berbeda dengan industry lainnya. Contohnya untuk industry karet, kadar ammonia paling tinggi untuk lateks pekat adalah 15 mg/L. Untuk industry tekstil, kadar ammonia paling tinggi adalah 8 mg/L. Sedangkan untuk industry elektronika kadar ammonia paling tinggi adalah 10 mg/L. 

Pengukuran kadar ammonia dapat dilakukan dengan beberapa metode, yang selanjutnya akan diukur dengan menggunakan spektrofotometer. Untuk pengukuran kadar ammonia, spektrofotometer yang cocok digunakan dalam pengujian amonia yaitu:

1. DR6000 merupakan spektrofotometer UV-Vis yang memiliki panjang gelombang 190-1100nm
2. DR3900 merupakan spektrofotometer visible dengan panjang gelombang 320-1100 nm.
3. DR1900 merupakan spektrofotometer protable yang cocok untuk di lapangan.
4. DR900 adalah colorimeter portable yang mudah digunakan di lapangan, tahan air dan tahan debu.

Dalam pengukuran menggunakan spektrofotometer,  ada sumber kesalahan yang dapat terjadi, seperti efek lingkungan pada fotometer dan sampel, suhu, fluktuasi tegangan saluran, getaran, kontaminasi, atau pemanasan sampel oleh fotometer. Semua faktor ini dapat merusak hasil yang diukur.

Kontaminasi yang merupakan salah satu sumber yang menyebabkan terjadinya kesalahan dalam pengukuran spektrofotometer dapat berasal dari sumber air yang digunakan dalam pengukuran. Karena itu, penting sekali memilih air yang tepat untuk pengukuran menggunakan spektrofotometer.

Distilled water atau deionized water memang dapat digunakan dalam eksperimen menggunakan spectrophotometer. Namun, bila dalam prosedur tertera harus menggunakan deionized water, jangan sesekali anda menggunakan distilled water dalam metode prosedur. Hal ini dikarenakan Distilled water masih mengandung mineral atau ion-ion. Mineral ini dapat dianggap sebagai kontaminan yang mempengaruhi hasil pengukuran.

Puraqua adalah air deionisasi (deionized water) dengan konduktivitas kurang dari 1 mikrosiemens/cm yang cocok digunakan dalam aplikasi penggunaan spektrofotometer. Dengan konduktivitas yang kecil, membuat hasil pengukuran jauh lebih akurat .